A área de Assistência Social tem como foco a habilitação e reabilitação de pessoas com deficiência, promovendo sua inclusão social. Suas ações asseguram o acesso aos serviços, a defesa e a promoção dos direitos sociais de pessoas com deficiência intelectual e/ou múltipla, e suas famílias em situação de vulnerabilidade.

A organização oferece serviços especializados de proteção social para promover autonomia, inclusão e melhorar a qualidade de vida, complementando as políticas existentes de saúde, educação e direitos das pessoas com deficiência. A atuação da APAE é norteada pela Política Nacional de Assistência Social (PNAS, Lei 8.742/93), Lei Orgânica da Assistência Social (LOAS), Resolução CNAS 109/2009 (Tipificação Nacional dos Serviços Socioassistenciais), Decreto 6.308/2007 (entidades e organizações de assistência social), Resolução CNAS 27/2010 (ações de apoio e defesa de direitos), Decreto 7.612/2011 (Plano Nacional dos Direitos da Pessoa com Deficiência), Resolução CNAS 34/2011 (Habilitação e Reabilitação) e outras legislações pertinentes.