O setor de Saúde da APAE de Mogi das Cruzes tem como objetivo oferecer atenção integral à saúde dos alunos e praticantes. Com foco no cuidado e no acompanhamento médico, o setor fornece orientações sobre tratamentos e cuidados necessários, sempre de forma personalizada.

Os atendimentos são realizados exclusivamente mediante consultas agendadas, por não se tratar de um ambulatório. A instituição conta com o suporte especializado de uma médica pediatra e de um médico voluntário, que desempenham funções essenciais como: acompanhamento médico, elaboração de laudos e receitas, além do encaminhamento para especialistas, quando necessário.